(一)行署法制办公室 贯彻执行国家、自治区、伊犁州有关政府法制工作的方针、政策;组织清理行政规范性文件;根据有关法律规定,负责行政执法监督工作,核发和监督使用《行政执法证》;组织实施行政处罚;协调部门之间在实施有关法律、法规、规章过程中产生的矛盾和争议;承办行署交办的重要行政措施发布前的合法性审查,办理各县(市)和行署各部门作出的重大行政处罚决定和制定的规范性文件的审查备案工作;
承办向行署申请的行政复议、行政赔偿案件,代理行署行政应诉事务,指导全地区行政复议、行政应诉和行政赔偿工作;开展政府法制工作和政府法制理论研究及交流,开展对外法制业务交流;承办行署和上级法制办公室交办的其他事项。 (二)行署经济体制改革办公室 根据行署统一部署,组织有关部门和研究机构对重大经济体制改革和对外开放的方案进行研究和论证,为行署决策提供建议和咨询;根据行署领导授权,办理有关专项改革开放方案实施中的衔接工作,跟踪调查改革方案的执行情况,及时提出对策建议;调查研究改革的重大方针、政策的实施情况,及时总结经验,分析研究新情况、新问题,承办行署交办的重大研究课题和其他事项,承担地区经济体制改革委员交办的具体工作。 (三)机关车队 负责行署领导和办公室的用车管理;负责车队车辆的维护修理;负责车队驾驶员的管理;承办领导交办的其他任务。